海关业务制度可分为：监管制度、关税制度、保税制度、稽查制度、统计制度，五项主要业务制度。
1、监管制度：海关监管的对象分为贸易性的货物、运输工具和非贸易性的物品三部分，因而海关监管制度可分为货物监管制度、非贸易性物品监管制度和运输工具监管制度三大体系。
2、关税制度：该制度规定了纳税义务人、商品分类及编码、进出口税率结构、完税价格的审定、纳税期限、税款的征免退补及违规处理等原则和作业程序。
3、保税制度：是指经海关批准的境内企业所进口的货物，在海关监管下，在境内指定的场所储存、加工、装配并暂缓缴纳各种进口税费的一种海关监管业务制度。
4、稽查制度：是指海关在规定期限内依法对进出口经营企业及相关单位的会计帐簿、凭证、报关单证及其他有关资料实施稽查，以审查有关企业、单位有无违反海关法规行为的一项海关业务制度。
5、统计制度：是以进出境的货物为调查和分析对象、运用一系列统计指标对国家的对外贸易发展状况进行统计监督，提供统计信息和咨询，促进对外贸易的发展。